STEI Hamfara menyelenggarakan pendidikan tinggi yang memadukan aspek keilmuan ekonomi Islam, pembentukan kepribadian Islam dan penguasaan tsaqafah Islam dalam sistem pendidikan Islami berpesantren, dengan kurikulum pesantren yang terintegrasi dalam sistem kurikulum akademik.

STEI Hamfara berupaya merekrut mahasiswa-mahasiswa yang unggul, untuk melahirkan sumber daya manusia yang berkualitas, yakni memiliki kualifikasi amanah dan kafa’ah serta mampu mengembangkan sistem ekonomi Islam dalam kehidupan ekonomi masyarakat.

Karakter lulusan STEI Hamfara yang diharapkan adalah sarjana ekonomi Islam yang ber-syakhsiyyah Islamiyyah (kepribadian Islam), yakni memiliki cara berfikir dan berperilaku berdasarkan ajaran Islam, kuat keyakinan aqidah Islamnya, paham dan mengamalkan ibadah dengan sebaik-baiknya, berakhlaq mulia, menjaga makanan dan minuman halal, selalu menutup aurat, bermuamalah secara Islam dan peduli terhadap persoalan umat serta giat dalam dakwah untuk menegakkan kembali izzul Islam wa al-muslimin.