Sekolah Tinggi Ekonomi Islam (STEI) Hamfara Jogjakarta didirikan pada tanggal 25 April tahun 2005. Pendirian STEI Hamfara Jogjakarta tidak dapat dilepaskan dari sejarah Jurusan Ekonomi Islam STAIN Surakarta bekerjasama dengan SEM Institute Jakarta dalam menyelenggarakan pendidikan tinggi ekonomi Islam di Yogjakarta sejak tahun 2000.

Berbekal pengalaman dan integritas selama lima tahun dalam mendirikan, mengembangkan dan mengelola program kerjasama Jurusan Ekonomi Islam antara STAIN Surakarta-SEM Institute, STEI Hamfara memiliki komitmen untuk meneruskan pengembangan pendidikan tinggi ekonomi Islam dengan status kelembagaan swasta penuh di lingkungan Kopertais Wilayah III Daerah Istimewa Jogjakarta.Dalam kurun waktu sembilan tahun atas izin Allah SWT STEI Hamfara Jogjakarta telah mampu menjadi Perguruan Tinggi yang menerapkan sistem integralisasi sistem pendidikan antara kurikulum akademik dengan kurikulum pesantren, dengan memberikan pengabdiannya dalam bentuk program pendidikan bagi ummat dengan mengedepankan kualitas pendidikan prima.

Program pendidikan berasrama dan berpesantren dirasa menjadi pilihan yang tepat bagi STEI Hamfara untuk mewujudkan misinya. Aspek kompetensi akademik tidaklah cukup tanpa kompetensi mental spiritual. Untuk mewujudkan kompetensi tersebut maka model pendidikan pesantren (boarding) dipilih sebagai solusinya. Pendidikan tinggi berbasis pesantren cukup melegakan orang tua mahasiswa ditengah situasi lingkungan pendidikan di kota-kota besar semakin tidak kondusif, metode pendidikan berpesantren menjamin mahasiwa mampu mendalami dan mengaplikasikan ilmu keislamannya lebih mantap. Dengan harapan Output hasil belajarnya yaitu Mahasiswa memiliki tingkat keilmuan yang mumpuni dan berkepribadian Islam yang tinggi. Lokasi STEI Hamfara saat ini menempati kampus baru di Dusun Kenalan, Bangunjiwo, Kasihan, Bantul, Yogyakarta, alhamdulillah status kepemilikan adalah milik Yayasan Hamfara, yang saat ini masih dalam taraf pembangunan, namun beberapa bagian ruangan sudah bisa digunakan untuk kegiatan belajar mengajar dan Areal seluas 20.746 M2 tersebut akan digunakan untuk kampus terpadu yang akan menampung seluruh kegiatan perkuliahan, pembinaan mahasiswa, perkantoran, asrama maupun kegiatan bisnis yang pendukung program pendidikan di STEI Hamfara.